Introducción: las infecciones bacterianas del sistema nervioso central continúan representando un gran desafío para la salud y la vida de muchos pacientes. Objetivos: determinar los patrones epidemiológicos y microbiológicos de la meningoencefalitis bacteriana (MEB) en Cienfuegos, en el período 1986-2012. Método: investigación descriptiva, de serie de casos. Se incluyeron todos los pacientes (1120) con diagnóstico de MEB reportados entre el 1ro de enero de 1986 y el 31 de diciembre del 2012 en Hospital Pediátrico y Hospital General. Se revisaron las tarjetas de declaración obligatoria, la encuesta epidemiológica y el libro de reportes de pacientes. Resultados: las MEB fueron más frecuentes en el sexo masculino y la reducción de las tasas fue mayor en los grupos menores de 14 años, el microorganismo aislado con mayor frecuencia en menores de 15 años  resultó ser  Neisseria meningitidis, sin embargo en los mayores de 15 predominó Streptococcus pneumoniae; no hubo fallecidos por esta causa a partir del trienio  1994-1996.  Conclusiones: tendencia a la disminución progresiva de la tasa de MEB, alcanzando al final del período del estudio valores muy bajos. Las intervenciones vacunales de 1989 y 1999 contra N. meningitidis B-C  y H. influenzae tipo b, respectivamente, pudieron estar relacionadas con la modificación de los patrones de aislamiento.